python读取.mtx文件的方法

小编给大家分享一下python读取.mtx文件的方法，希望大家阅读完这篇文章之后都有所收获，下面让我们一起去探讨吧！

Python主要用来做什么

Python主要应用于：1、web开发；2、数据科学研究；3、网络爬虫；4、嵌入式应用开发；5、游戏开发；6、桌面应用开发。

mtx文件是按照稀疏矩阵格式存储的矩阵数据，可以按照以下步骤读取：

1、安装scanpy包

pip install scanpy

2、文件读取

import scanpy as sc adata = sc.read(filename)data = adata.X

第一行read之后返回的是annData，第二行通过.X操作得到的是矩阵数据

3、转换为稠密矩阵

data = data.todense()

直接得到的矩阵是稀疏形式的，通过todense函数可转换为稠密矩阵

补充：python读取各种文件方式

JSON：

use_time=[]with open(address,'r') as f: #ubuntu    mobile = json.load(f)    calls = mobile["transactions"][0]["calls"]for call in calls:   use_time.append(str(call['use_time']))

excel：

rawdata1=open_workbook(address)rawdata=rawdata1.sheet_by_index(0)for i in range(1,rawdata.nrows):    if rawdata.cell(i,date_index).value=="": #跳过空行        continue    else:        if ctype==3:  #若为3，则用datetime模块处理日期            date1=rawdata.cell(i,date_index).value            date2 = xldate_as_tuple(date1,0)             date3=datetime(*date2)            if "." in str(rawdata.cell(i,phone_index).value):                phone1=str(rawdata.cell(i,phone_index).value)[:-2]              else:                phone1=str(rawdata.cell(i,phone_index).value)

写EXCEL：

Excel_file = xlwt.Workbook() sheet = Excel_file.add_sheet('sheet0')header=[u'号码','日期top1','日期top2','日期top3']#写入标题行：for i in range(len(header)):    sheet.write(0,i,header[i])#开始按行写入数据：for i in range(len(phonelist)):    sheet.write(i+1,0,phonelist[i])    sheet.write(i+1,1,dic[str(phonelist[i])])#保存EXCEL：Excel_file.save("C:/Users/Desktop/100个文件输出xls/"+str(fileName)+".xls")

CSV：

rawdata=pd.read_csv(address,skip_blank_lines=True) #参数为去除空行if 'start_time' or 'begin_time'  in rawdata.columns:    if 'start_time' in rawdata.columns:        start_time=rawdata['start_time']    elif 'begin_time' in rawdata.columns:            start_time=rawdata['begin_time']

txt：

rawdata=open(address,'r')i=0a=[] #c存放第一行的列名for line in rawdata:    if i==1: #默认第二行开始存储通话数据        a=line.split(',') #逗号作为分隔符        for j in range(len(a)): #查找指定列名所在的列下标            if (('-' in str(a[j]))or('/' in str(a[j]))): #判断日期所在列数                date_index=j #保存日期的列下标            elif  str(a[j]).isdigit() and len(str(a[j]))>5: #默认全为数字组成的字符串为电话号码                phone_index=j            else:                pass        break    else:        i+=1i=0for line in rawdata:#开始转存数据：    if len(line)<10: #跳过空行        continue    data_line=line.split(',') #txt默认以','分隔数据    if i==0:        pass #第一行为列名，跳过        i+=1    else: #从第二行开始保存数据        start_time.append(data_line[date_index])

看完了这篇文章，相信你对“python读取.mtx文件的方法”有了一定的了解，如果想了解更多相关知识，欢迎关注编程网Python频道，感谢各位的阅读！