怎么使用python绘制火山图

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导入模块

import numpy as npimport pandas as pd

1.读取测试数据

data=pd.read_csv(r'E:\ZYH\R.project\rna-seq\lianxi1\exon_level\df.csv')

2.查看数据

data.head()

3.筛选差异基因

# 3.尝试写循环筛选上下调基因分类赋值给 "up" 和 "down" 和 "nosig" 加入pvalue条件###loc函数：通过行索引 "Index" 中的具体值来取行数据（如取"Index"为"A"的行）data.loc[(data.log2FoldChange>1)&(data.padj<0.05),'type']='up'data.loc[(data.log2FoldChange<-1)&(data.padj<0.05),'type']='down'data.loc[(abs(data.log2FoldChange)<=1)|(data.padj>=0.05),'type']='nosig'

4.查看数据,发现多了type这一列

data.head()

5.统计个数

data.type.value_counts()up      123Down    103Name: type, dtype: int64

6.绘火山图

import seaborn as snsimport mathimport matplotlib.pyplot as pltimport matplotlib as mpl%matplotlib inline# 对padj取个-log10对数data['-logpadj']=-data.padj.apply(math.log10)# 查看data[['log2FoldChange','padj','type','-logpadj']].head()

# 先设置一下自己的颜色colors = ["#01c5c4","#ff414d", "#686d76"]sns.set_palette(sns.color_palette(colors))# 绘图ax=sns.scatterplot(x='log2FoldChange', y='-logpadj',data=data,                hue='type',#颜色映射                edgecolor = None,#点边界颜色                s=8,#点大小                )# 标签ax.set_title("vocalno")ax.set_xlabel("log2FC")ax.set_ylabel("-log10(padj)")#移动图例位置ax.legend(loc='center right', bbox_to_anchor=(0.95,0.76), ncol=1)

7.保存图片

fig = ax.get_figure()fig.savefig('./python_vocalno.pdf')

感谢各位的阅读，以上就是“怎么使用python绘制火山图”的内容了，经过本文的学习后，相信大家对怎么使用python绘制火山图这一问题有了更深刻的体会，具体使用情况还需要大家实践验证。这里是编程网，小编将为大家推送更多相关知识点的文章，欢迎关注！